Работните микроскопи се използват за създаване на операции, изискващи голяма прецизност в малка област на работа, поради което са намерили приложение в областта на офталмологията, стоматологията, отоларингологията и неврохирургията. Оперативният микроскоп е не само стандартно допълнение към микроскопските търсения само за подобряване на изображението, но и оборудване, което увеличава стереоскопията на изображението, както и дълбочината на рязкост. Използват се и други микроскопи в микрохирургията, която определя хирургичния метод за провеждане на лечение на много малки анатомични структури. Някои операционни микроскопи, използвани в микрохирургически операции с използването на вградена камера, също позволяват достоверна документация за третирането.Съвременните хирургични микроскопи са сложно противоположно механично окачване на хирургичната оптика, новото поколение е оборудвано с коаксиално ксеноново осветление, автофокус, автобализация и вариоскоп. Множеството нови решения, използвани в новото поколение оперативни микроскопи намаляват риска от грешка при опасни операции, които спестяват здраве или растат. Други оперативни микроскопи са автоматизирани в суми, а работните им параметри могат да бъдат синхронизирани с операторските училища за работа с микроскопското устройство по време на неврохирургичната процедура. Днес учените предполагат, че непрекъснатият напредък в микроскопията ще доведе до развитието на нанотехнологията, която може да намери широко приложение в бъдещата медицина.